La ENDESA 2011-2012 se realizó con el objetivo principal de proporcionar información estadística actualizada a nivel nacional y por regiones departamentales (incluyendo Islas de la Bahía y Gracias a Díos no incluidos en la ENDESA 2005-2006 por cuestiones de costo y accesibilidad) y metropolitanas de salud, sobre indicadores de vivienda, fecundidad, salud en general y salud reproductiva en particular, estado nutricional de los niños, mortalidad infantil y en la niñez, VIH/SIDA, violencia intrafamiliar, morbilidad, utilización de servicios y gastos en salud e indicadores demográficos de la población de Honduras. Otro de los objetivos de la ENDESA 2011-2012 es proporcionar información comparativa con encuestas de salud anteriores, realizadas en el país.
