Los objetivos de la ENDESA 2001 son proporcionar información sobre 1) los niveles y tendencias de la fecundidad (incluyendo la fecundidad en adolescentes); 2) la mortalidad general y los niveles y tendencias de la mortalidad infantil; 3) la salud sexual y reproductiva de las mujeres en edad fértil, a través de temas como la planificación familiar, nupcialidad y exposición al riesgo de embarazos, conocimiento y prácticas sexuales de riesgo, VIH/SIDA e ITS, atención prenatal, parto y puerperio, y estado nutricional de las mujeres y de los niños menores de 5 años, entre otros temas. Adicionalmente se investigan las características generales de las viviendas, saneamiento básico, dotación de servicios, composición del hogar, gastos en salud y migración internacional. El diseño de muestra para la ENDESA 2001 fue el mismo que se utilizó en la ENDESA-98 con una ligera modificación del tamaño de muestra en los departamentos de Madriz y Río San Juan. El diseño proporciona una muestra probabilística a nivel nacional que es estratificada, bietápica y por conglomerados, donde la estratificación se realizó a nivel de diferentes subdivisiones geográficas (regiones naturales, dentro de cada región por departamento y dentro de cada departamento por lugar de residencia urbana-rural), donde se definió como meta un tamaño de muestra de aproximadamente 14,000 entrevistas completas de mujeres y en base a la experiencia de la ENDESA-98 se seleccionó un total de alrededor de 13,200 hogares para lograr ese objetivo. Debe recordarse que el trabajo de campo de la ENDESA 2001 se realizó entre el 26 de septiembre y el 12 de diciembre, época de invierno en el país, lo cual puede tener implicaciones sobre la estimación de la prevalencia de ciertas enfermedades, particularmente las diarréicas y respiratorias. El rendimiento de la muestra para la encuesta se basó en la identificación en los hogares completos de 14,123 mujeres de 15-49 años elegibles con un total de 13,060 entrevistas completas, es decir una tasa de respuesta individual de 93 por ciento. La tasa de respuesta para los hogares fue del 95 por ciento correspondiendo a 11,328 hogares entrevistados de los 11,986 hogares que fueron seleccionados. La tasa de respuesta combinada (hogares y mujeres) fue del 84.7 por ciento, bastante satisfactoria para este tipo de encuesta, a pesar de haberse realizado el trabajo de campo durante período de elecciones.
